岩戸川を挟んで東本宮と西本宮がある。旧社格は村社で、神社本庁の別表神社。昭和45年に合併し、現在のごとく天岩戸神社東西両本宮を称すようになったが、それ以前の旧称は西本宮が「天磐戸神社」、東本宮は「氏神社」であった。 東本宮はかつて「天磐戸大神宮」とも呼ばれ、この名は今でも西本宮社務所で授与される神札の銘「天岩戸大神宮」に残り、また地元年配者を中心に通称として用いられている。

■西本宮　
大日孁尊（おおひるめのみこと）＝天照大神の別名。岩戸川対岸の断崖中腹にある「天岩戸」と呼ばれる岩窟（跡）を神体とし、この岩窟は日本神話に登場する天岩屋であると伝える。また、同じく西本宮の御旅所には配祀神である天鈿女命・手力男命・大年神・素盞嗚尊・日子穗穗手見命・豊玉毘売命、菅原道真公の7柱を祀っている。

■東本宮　
天照皇大神（あまてらすすめおおみかみ）＝天照大神の別名で皇祖神であることを示す名。かつてイザナギノミコト・イザナミノミコトを祀っていたとする史料もある。社殿背後の御神水の側には「大神宮」の祠がある。東西両本宮は元来は独立した別の社であった。ともに皇祖神天照大神を祀るとはいえ、創祀以来皇室や朝廷からではなく、在地住民からの信仰を主としている。

■天安河原（あまのやすかわら）
西本宮から岩戸川を500mほど遡った所にある河原で、日本神話に登場する岩戸隠れの際に八百万の神々が集まって相談した場所であると伝えられている。河原の中央部にある仰慕窟（ぎょうぼがいわや）と呼ばれる洞窟には天安河原宮があり、思兼神を主祭神として八百萬神が祀られている。現在、この付近では「願いを込めて小石を積むと願いが叶う」として多数の石積みがみられる。

また、スピリチュアルカウンセラーの江原啓之は天安河原一帯を「並外れて強いパワースポット」として紹介している。

阿蘇カルデラをつくった火山活動によって、約12万年前と約9万年前の2回に噴出した高温の軽石流（火砕流の一種）が、当時の五ヶ瀬川の峡谷沿いに厚く流れ下った。この火砕流堆積物が冷却固結し熔結凝灰岩となり、柱状節理が生じた。熔結凝灰岩は磨食を受けやすいため、五ヶ瀬川の侵食によって再びV字峡谷となったものが高千穂峡である。高さ80m～100mにも達する断崖が7kmにわたり続いており、これを総称して五ヶ瀬川峡谷（高千穂峡）と呼ぶ。
昭和9年（1934年）11月20日に名勝、天然記念物に指定された（「五箇瀬川峡谷（高千穂峡谷）」）。昭和40年（1965年）3月25日には祖母傾国定公園に指定された。峡谷は貸しボートで遊覧できるようになっており、峡谷に流れ落ちる日本の滝百選の一つである「真名井の滝」の至近まで近づくことが出来る。

真名井の滝（まないのたき）
高千穂峡の川幅が狭まった部分に流れ落ちる滝である。日本の滝百選の一つ。峡谷の崖上は自然公園となっており、その中にある「おのころ池」より流れ落ちる水が真名井の滝となっている。
神話によれば天村雲命（あめのむらくものみこと）という神が天孫降臨の際に、この地に水がなかったので水種を移した。これが天真名井として湧水し、滝となって流れ落ちているといわれている。
夏場は午後10時まで滝周辺がライトアップされ幻想的な雰囲気を出している。